東鐵線新信號系統一再出現問題，港鐵在新系統原定啟用日期前夕才宣布「煞停」啟用。有指港鐵工程部雖然早於今年5月中已知道問題，但一直至上周一(7日)才向港鐵高層匯報，而機電工程署則於上周四(10日)才收到港鐵通知事件。議員批評港鐵隱上瞞下的管理文化根深柢固，促請政府委派獨立專家協助監督港鐵。

港鐵於今日(13日)晚上表示，已就事故成立調查委員會，並委任香港工程師學會前會長梁廣灝擔任委員會主席，以及邀請另外兩位外間專家提供意見，包括科進中國區基礎建設總監王志威，以及科進技術主任和副技術總監Gab Parris。委員會預計於3個月內完成調查，並向政府提交調查結果。港鐵又對新信號系統暫緩投入服務深表歉意。

至於調查範圍，則包括新系統的「行車路線設定功能」可能出現的潛在情況，確定由最初開始察覺、確認、分析以至各種跟進的詳細過程；檢視在過程中，公司內部的溝通及通報機制是否健全，及有否適時切實執行；以及調查向相關政府部門的通報機制有否適時切實執行。

為配合沙中線工程，東鐵線將伸延過海至金鐘站，東鐵線原定上周六(12日)轉用新信號系統，並陸續安排9卡南韓製新列車投入服務。但港鐵於新系統啟用前一日公布，新系統出現列車入錯線的問題，決定煞停計劃，並且承認早於今年5月中便知道問題存在。至於負責監督港鐵的機電署則指，直至上周四才收到港鐵通知事件。

有指，港鐵工程部在今年中知悉問題後，認為不影響行車安全，一直未有向上匯報，直至上周一才通知港鐵車務總監李家潤，甚至連港鐵行政總裁金澤培於事前亦不知道事件。

議員譚文豪表示，雖然經歷高鐵及沙中線等醜聞，但港鐵隱上瞞下的管理文化根深柢固，一直沒有改善，「他們永遠都是想如何不影響開車，無論用甚麼手段，都不要影響進度，問題要去到最後一刻才『爆出來』。」他認為，政府應該委派獨立專家協助監督港鐵。

議員田北辰則指，東鐵線新信系統入錯線問題，不排除是港鐵要求該系統能處理海量數據所致，與一般信號系統有別，情況有如荃灣線新信號系統採用「雙重後備電腦」的特別設計，最終出現測試時撞車事故。他認為，本港日後發展新鐵路時，路政署、港鐵主席、行政總裁和總監級人員，應該商討有關技術要求。