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6個種子基金預計在年中回撥約615億港元予政府帳目。
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雖然新一份《財政預算案》預計2024/25年度的財政赤字為872億港元，但外界指若計及1,300億港元發債及從未來基金和防疫抗疫基金合共回撥的900億港元，實質財赤近3,000億港元。政府預計今年中把6個種子基金約615億元未需動用的餘額回撥政府帳目，同時亦預留149億港元作為未來5年的開支，當中5個屬於教育範疇，而其中研究基金回撥高達400億港元，醫管局公私營協作基金則回撥約86億港元。因應種子基金的整體財務安排有待檢討，當局暫緩20億港元設教師專業發展基金。
新一份預算案提出把6個種子基金結餘回撥政府帳目。政府提交立法會財經事務委員會的文件指出，政府帳目外為特定目的設立基金，現時這類基金共有42個，截至 2023/24年度的年終結餘約1,780億港元，當中23個基金以種子基金模式運作，即只利用投資收益應付其開支。
文件指種子基金的運作模式導致巨額公共財政資源被鎖起，限制政府按現時工作優次將資源投放到不同政策範疇的靈活性。為使政府可更靈活及有效運用公共財政資源，政府已檢視這些基金的財務安排，並選取了6個規模較大的種子基金回撥結餘，包括研究基金、語文基金、學生活動支援基金、資歷架構基金及資優教育基金，結餘回撥約615億港元。當中以研究基金回撥的款額最高，超過400億港元，而醫管局公私營協作基金則回撥約86億港元，語文基金亦涉及逾62億港元回撥。
選定這6個種子基金，政府指主要考慮到它們並非根據法例規定成立，而基金的本金只涉及政府注資，不涉及捐款，因此需要修訂的財務安排及回撥結餘的程序相對簡單，而6個種子基金的本金均存放於外匯基金作投資，以賺取投資收益應付開支。政府將在 2028年檢視6個種子基金的財務安排，並因應最新發展 及當時的政府財政情況決定5年期後的財務安排，以持續推動相關政策工作。
政府檢視6個種子基金最新的財政狀況，並參考相關基金的過往開支及已計劃的項目，推算未來5年的現金流需求共約149億港元，並預計今年年中把6個基金共約615億港元的未需動用結餘回撥到政府帳目。教育局及相關政策局分別已就該6個種子基金的修訂財務安排諮詢相關基金監管架構。
若獲財經事務委員會支持，政府會徵求財委會批准，修訂6個種子基金的財務安排，容許基金直接動用本金應付未來5年的工作。政府亦已要求各相關政策局就其他36個基金的財務安排展開檢討，各政策局將逐一檢視其轄下基金的政策目標、財務安排、未來數年的現金流需求等。政府會因應各基金的實際情況，包括財務安排是否受法例所限、基金是否包括政府注資以外的款項等，考慮是否進行資金回撥，計劃在2026年第一季完成相關檢討。
去年施政報告宣布撥款20億港元設立教師專業發展基金，支持教師專業長遠發展，持續優化教師培訓及交流項目。教育局建議為此設立種子基金，並曾於去年11月諮詢立法會教育事務委員會，考慮到種子基金的整體財務安排有待檢討，而教育局在2027/28 學年前仍可繼續以現有資源支持相關教師專業發展措施，故教育局進一步審視教師專業發展基金的財務安排，並適時就撥款建議諮詢立法會。
